La Terre considère de plus en plus une alliance avec les Seigneurs Goa'ulds. Pendant ce temps, le SG-1, avec l'aide de Thor, tente d'empêcher les Réplicateurs de détruire la nouvelle colonie Asgard en utilisant les connaissances des Anciens, une race humaine très avancée qui a inventé le système de la porte des étoiles, pour concevoir une arme redoutable. Également, le SG-1 doit tenter de réanimer Jack et retrouver Sam, prisonnière des Réplicateurs.