Atlantis unit contre toute attente ses forces à une faction Wraith rebelle dirigée par Michael. Ce dernier, rappelons-le, est ce Wraith sur qui l'on a tenté une transformation humaine avec le rétrovirus du docteur Beckett (voir épisode Traitement de choc). Ensemble, ils tenteront un coup de force dans le but de détruire leur ennemi, le peuple Wraith, empêtré dans une guerre civile. Toutefois, fallait-il vraiment faire confiance à Michael? Troubles à l'horizon...